Holbergkomitéen og Nils Klim-komitéen oppnevnes av Holbergstyret. Hver komité består av fem internasjonalt anerkjente forskere forskere innenfor humanistiske, samfunnsvitenskapelige, juridiske og teologiske fag. Medlemmene av fagkomitéene oppnevnes for en periode på tre år og kan gjenoppnevnes én gang.
Holbergstyret utnevner vinner av Holbergprisen på grunnlag av anbefaling fra Holbergkomiteen. Holbergstyret utnevner vinner av Nils Klim-prisen på grunnlag av anbefaling fra Nils Klim-komitéen. Komitéenes anbefalinger skal være basert på sakkyndige vurderinger.
Styret utnevner også en fagjury for Holbergprisen i skolen. Fagjuryen har ansvaret for å kåre vinnerbidragene for Holbergprisen i skolen. Juryen består av fagpersoner fra den norske universitets- og høyskolesektoren, samt en lærerrepresentant.